县医保局和卫健局都是年党政机构改革后新组建改革而来的政府组成部门。
县医保局整合了原来人社局的城镇职工和城乡居民基本医疗保险、生育保险职责，发改局的药品和医疗服务价格管理和民政局的医疗救助职责，主要任务是统筹城乡医疗保障，统筹药品、医用耗材、医疗服务项目和设施服务目录和价格、推进医疗保障支付及改革等事项。医保局下设医保中心，作为基层事业机构提供医保服务。
县卫健局由原来的卫计局改革而来，主要职责是负责组织实施辖区疾病防控规划，卫生应急工作，突发公共卫生事件防控及辖区卫生医疗机构的管理、监督等事项。辖区内疾控中心、防疫站、医院、卫生服务机构、卫校等均是卫健局管理的事业机构。从机构规模和权重来看，县卫健局要比医保局大得多。如果非要选择，个人建议选卫健局。有两个好处：
第一，晋升更容易。县医保局和卫健局都是正科级单位，两个单位平级，晋升天花板相近。但县卫健局因为机构大职数多，局部晋升空间要比医保局大，比如职级并行，县卫健局因为人数多名额也多，相对机会也多。更何况，县卫健局还有很多副科级的二层机构，包括一些正科级的医疗机构，符合条件的都可以提拔到这些岗位上，虽然是事业单位，好歹是科级领导岗位，比医保局只有局机关的科级领导岗位要强。
第二，可用资源更多。如前所述，县卫健局掌握着辖区医疗机构和服务管理职责，这些机构和部门都事关百姓民生，影响力非常大，作为行业的主管部门，县卫健局权力和地位自然水涨船高，可用的资源也更多。比如个人和家庭要找好一点的医疗机构，在县卫健局便有很多便利。人们常说在一个城市生活，一定要认识一个老师，一个警察，一个医生。在卫健局工作，刚好满足其中一条，可见其重要性。在这方面，虽然医保局也有资源，但相对卫健局要弱势得多。